En janvier 1999, un colloque "À propos de La main à la pâte, les sciences et l'école primaire" organisé conjointement par l'Académie des Sciences, l'INRP et la Desco (Direction de l'enseignement scolaire) s'est tenu à la Bibliothèque nationale de France à Paris. Ce colloque a réuni près de quatre cents acteurs du système éducatif, enseignants, scientifiques, formateurs d'enseignants, didacticiens et représentants institutionnels, pour réfléchir sur l'état et le devenir de l'enseignement des sciences à l'école dans le contexte de La main à la pâte, en donnant la parole aux enseignants faisant des sciences avec leurs élèves, qu'ils soient ou non engagés officiellement dans l'opération.