L'écologie est la science des interactions entre les êtres vivants et leur milieu; ce milieu est lui-même constitué d'autres êtres vivants, eux-mêmes en interaction avec leur milieu, et d'autres êtres vivants. On voit bien que l'écologie est une discipline qui traite de phénomènes complexes. Et c'est certainement cette complexité, fascinante et défiante, qui constitue l'un des éléments les plus intéressants des études en écologie. Même lorsque les systèmes semblent simples, ou les interactions logiques, cette complexité souvent discrète nous révèle alors des paradoxes parfois surprenants. La plupart du temps, ces paradoxes ne sont qu'apparents, et dus à notre vision partielle des systèmes étudiés. Quelques décennies d'études nous ont appris que la seule façon d'appréhender la biodiversité, et l'écologie qui l'étudie, est de manière globale, holistique. À travers des exemples de travaux qui ont jalonné ma carrière de chercheur en écologie, cette leçon inaugurale va cheminer de paradoxe en paradoxe, pour montrer comment la complexité en écologie nécessite une approche holistique.Cet ouvrage est issu de la leçon inaugurale prononcée au Collège de France le jeudi 27 mars 2025 par Franck Courchamp, professeur invité sur la chaire annuelle Biodiversité et écosystèmes pour l'année académique 2024-2025.